Die Entscheidung, an diesem Ort eine Kirche zu bauen, fiel im 11. Jahrhundert, als Swanhild (auch Schwanhild), Äbtissin des Essener Stiftes, 1073 den weithin sichtbaren Stoppenberg als Standort ihres lang ersehnten Stiftes für Töchter des niederen Adels wählte. Schon am 4. Februar 1074 wurde die Stiftskirche von Erzbischof Anno aus Köln geweiht.
Bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts diente sie den Stoppenberger Christen als Pfarrkirche. Bedingt durch die Bevölkerungszunahme, die der Bergbau im Ruhrgebiet mit sich brachte, wurde der Bau einer größeren Kirche notwendig. Eine bauliche Erweiterung der Stiftskirche wurde aus kunsthistorischen Gründen nicht genehmigt. So entschied im Jahr 1904 der damalige Kirchenvorstand unter dem Vorsitz von Pfarrer Friedrich Lintzen, auf einem Grundstück unterhalb der Stiftskirche – trotz Warnungen vor möglichen Bergsenkungen – eine neue Kirche zu bauen. Den Auftrag für den Bau der Pfarrkirche erhielt der Kölner Architekt und Regierungsbaumeister Carl Moritz (1863-1944), zu dessen Arbeiten in Essen der Handelshof und die Elisabethkirche in Frohnhausen zählen. Bereits 15 Monate nach der Grundsteinlegung (1.07. 1906) wurde die Nikolauskirche am 17. Oktober 1907 von Antonius II. Kardinal Fischer, Erzbischof von Köln, eingeweiht. Die Essener Volkszeitung beschrieb in ihrer Ausgabe vom 27. Dezember 1907 das Gotteshaus wie folgt: „Die neue Pfarrkirche von Stoppenberg ist ein kühner und wohlgelungener Wurf auf dem Gebiet kirchlicher Baukunst und gereicht nicht nur Stoppenberg, sondern dem ganzen Essener Lande zur Ehre und Zierde …“.
